微量元素肥料的施用方法很多，有土壤施肥、種子處理和根外追肥等。

　　土壤施肥

　　即做基肥、種肥或追肥時把微量元素肥料施入土壤。這種施法雖然肥料的利用率較低，但有一定的后效。含微量元素的工業廢棄物和緩效性微肥常采用這種施肥方法。

　　種子處理

　　包括浸種和拌種兩種方法。浸種時將種子浸入微量元素溶液中，種子吸收溶液而膨脹，肥料隨水進入。常用的濃度是0.01%-0.1%，時間是12-24小時。拌種是用少量水將微量元素肥料溶解，將溶液噴灑于種子上，攪拌均勻，使種子外面沾上溶液后陰干播種，一般每千克種子用2-6克肥料。

　　根外追肥

　　即將微量元素肥料溶液用噴霧器噴施到植株上，通過葉面或氣孔吸收而運轉到植株體內。常用的溶液濃度是0.01%-0.1%。

　　蘸秧根

　　這是水稻的特殊施肥法，其它需要移栽的農作物也可以采用蘸秧根的方法施肥。