在菜地施用有機肥，不但可以提供養分，提升菜地土壤的有機質與緩沖性能，還起到減輕土傳病害和重茬障礙等多方面的重要作用。所以，在蔬菜生產的過程中從來都重視有機肥的施用

　　1.施用的安全性。例如，垃圾類有機肥中常含有重金屬及放射性物質等污染物;動物糞尿類有機肥，由于飼料添加劑的殘留也會有一定含量的重金屬，如鋅、銅、砷等;此外，秸稈類有機肥中往往還含某些病原微生物，如有害病菌和蟲卵等。從市場調查中還發現，有的商販為了使有機肥體積膨大，在糞尿肥中加入堿，這些堿性過強的有機肥會影響蔬菜生長等。一旦將這些問題有機肥施用到菜地，可能導致蔬菜產品中有害成分超標，構成對食品及環境安全的威脅。

　　2.有機肥種類單一，多為雞糞豬糞等畜禽糞尿類;以雞糞為例，含氮磷養分較多，而 C/N比很低，這對土壤結構的調節功能是不足的。

　　3.施用的數量大，養分投入過量，尤其氮肥、磷肥投入過量，致使局部地區已出現環境問題。例如，由于糞尿類、食品加工殘渣類有機肥都有含鹽量較高的特點，所以有機肥過量施用可能會導致土壤鹽分累積。已有報道表明，溫室大棚生產中，每年至少每公頃施用有機肥75-150噸，相當于向每公頃土壤投入了凈鹽510-610公斤，長年不斷施用，土壤含鹽量就會逐年增加。