土壤缺磷會導致作物生長緩慢、矮小瘦弱、直立、分枝少，葉小易脫落，在缺少磷元素的土壤上進行磷肥施用，對作物產量的提高和品質的提高有很好的作用。然而，一些對于肥料知識掌握不夠的朋友們就會覺得，施用磷肥后對作物有很多的好處，所以就會過多的施用磷肥，其實這樣會對作物造成很多的危害。

導致作物缺鋅 例如施用過量的磷酸鈣，會使鋅與磷發生反應，造成磷酸鋅沉淀，作物無法對其進行吸收，就會出現缺鋅的癥狀。

導致作物缺硅 過量施用磷肥，會導致土壤中的硅元素被固定，阻礙作物的吸收，從而導致作物缺硅，尤其是對那些喜硅類的禾本科作物，例如水稻等的影響要更為嚴重。

使有害元素在土壤中累積 磷肥的原料一般為磷礦石，磷礦石中含有很多種的雜質，包括很多有害物質，例如鉛、鎘等有害元素，尤其是鎘元素在土壤中呈現出有效態，很容易就會被作物給吸收，造成作物體內重金屬的累積，并進一步的給人體健康帶來危害。

造成土壤理化性質惡化 過磷酸鈣等磷肥中含有大量的游離酸，大量施用會造成土壤的酸化。而鈣鎂磷肥等磷肥中含有約四分之一左右的石灰等，施用過多會造成造成土壤鹽堿化。