誤區1：靠見效速度評價產品好壞，認為見效快的就是好菌劑或菌肥

　　微生物的生命活動，除了會分解土壤中難溶及被固定的元素，增加營養元素的供應量，利用自然界的物質轉化為植物生長所必須的物質，促進作物產量提高外，還能產生植物生長刺激素和拮抗某些致病微生物的作用，可減輕作物病蟲害的發生，肥料效果的發揮與微生物菌群繁殖速度、菌群數量關系緊密，菌群生長存在周期，這一點是與化學肥料和植物調節劑的最大區別，這也就出現了微生物肥料速效性不如化學肥料與植物調節劑的現象。見效慢并無意味著菌劑及菌肥是無效果的，能在較短時間內就可以看到作物長勢明顯改善的品種也未必是好的菌肥或菌劑，其中也不乏一些添加了植物調節劑的品種。

　　誤區2：種類混亂，分不清使用的是菌劑還是菌肥

　　農用微生物菌劑是指目標微生物(有益菌)經過工業化生產擴繁后制成的活菌制劑，它具有直接或間接改良土壤、恢復地力，維持根際微生物區系平衡，降解有毒、有害物質等作用：應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長，改善農產品品質及農業生態環境。

　　微生物菌肥包含復合微生物肥料和生物有機肥，復合微生物肥料是指目的微生物經工業化生產增殖后與營養物質復合而成的活菌制品;生物有機肥是指目的微生物經工業化生產增殖后與主要動植物殘體(如畜禽糞便、農作物秸稈等)為來源并經無害化處理的有機物料復合而成的活菌制品。菌劑、菌肥最大的區別在于產品中營養物質及有機物料的含量，使用中需結合實際需求選擇對路產品。

　　誤區3：認為一種產品中菌的種類越多、菌種數量越大越好

　　復合菌劑的使用效果會受到不同菌種生長習性的影響，盲目的復合，極易造成菌種間的拮抗，影響效果發揮。菌衡量標準為“有效活菌數(CFU)”，單位為“億/g或億/ml”，數量不能代表全部，不但要看菌數量，還要看有效活菌的數量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌數量越大效果會表現越好。

　　誤區4：一個季節使用一次就可以，一次使用作用可持續多年

　　部分微生物菌種施入土壤后會大量繁殖，當數量達到一定程度后就會成為優勢菌群，但隨著外部環境的改變，如化肥的超量使用、殺菌劑的使用、燜棚、高溫等，都會導致有益菌死亡，從而影響有益菌群在土壤微生物系統中的地位，要繼續保持有益菌群的地位，就需要在作物的生長期多次使用微生物肥料來補充有益菌。

　　誤區5：不注重菌的種類，認為一種菌可以解決多種問題

　　少數用戶在選購微生物肥料時只注重是不是含菌，而不關注菌的種類，缺乏對癥用菌的意識，使用了不對癥的菌品種，產品效果難以發揮，難以達到用戶目的�，F階段在農業部獲得登記的微生物品種有根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、解磷類微生物菌劑、硅酸鹽微生物菌劑、光合細菌菌劑、有機物料腐熟劑、促生菌劑、菌根菌劑、生物修復菌劑。不同品種具有的功能不同，微生物肥料的作用會體現在六個方面：提供或活化養分功能;產生促進作物生長活性物質能力;促進有機物料腐熟功能;改善農產品品質功能;增強作物抗逆性功能;改良和修復土壤功能。要結合需求、菌種特點、菌種功能選用對癥的產品。