家畜糞便是有機肥生產的好原料，但如果未經充分發酵或腐熟而直接施用到作物上，則存在很大的害處：

　　1、傳染病蟲害

　　家畜農家肥中含有大腸桿菌、線蟲等病菌和害蟲，直接使用會導致病蟲害的傳播，作物發病，對食用農產品的人體健康也產生影響;未腐熟的雞糞在土壤中發酵時，容易滋生病菌與蟲害的發生。

　　2、發酵燒苗

　　發酵不充分的家畜農家肥施到地里后，當發酵條件具備時，便開始發酵，若發酵部位根部較近，且作物植株較小，發酵產生的熱量會影響作物生長，嚴重時導致植株死亡。

　　3、酸化果園土壤

　　家畜農家肥是強酸性肥料(PH值為3.6~4.7)，因此在果園里施用酸性家畜農家肥無異于“雪上加霜”，造成果樹爛根、黑根、黃葉、樹勢早衰、黃化病，嚴重時導致柑橘植株死亡。

　　4、毒氣危害

　　在分解過程中產生甲烷、氨等有害氣體，使土壤和作物產生酸害和根系損傷，更重要的是產生的乙烯氣體有抑制根系生長的作用，也是燒根的主要原因。

　　5、土壤缺氧

　　有機質在分解過程中消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時性的處于缺氧狀態，會使作物生長受到抑制。

　　6、肥效緩慢

　　未發酵腐熟的家畜農家肥中，養分多為有機態或緩效態，不能被作物直接吸收利用，只有分解轉化成速效態，才能被作物吸收利用。所以未發酵直接施用使肥效減慢。

　　7、重金屬超標

　　家畜農家肥中含有很高量的銅、汞、鉻、鎘、鉛、砷等重金屬，還有較多的激素殘留，造成農產品重金屬超標，給食品安全、農業產業的可持續發展埋下隱患。

　　8、利用不便、效率低

　　未經處理的家畜農家肥，不易運輸，體積大，有效成分低，使用成本高。有機物向腐殖質轉化的時間較長，養分流失嚴重。

　　9、氯化鈉(食鹽)超標

　　據統計每立方米的家畜農家肥就含有5公斤的氯化鈉(食鹽)，如果一畝地的氯化鈉含量超過10公斤，作物將極難生長。