市場上存在形形色色的菌肥，有質量好的，又有孬的，由于石油價格的高企，運費越來越貴，從別處拉大量的肥料來施肥，已經越來越不劃算了，而采用發酵劑就地取材一般來說，決定肥料質量的因素主要有三方面：第一、原料的質量；第二、發酵劑的品質；第三、發酵工藝的控制。 作為菌肥的原料來源廣泛：有畜禽糞便、秸稈、樹皮、淤泥等等，而其中以畜禽糞便最好。
發酵劑有市場上銷售的，也可以自己采集制作，但建議用品牌廠家的發酵劑，因為他們有成熟完善的發酵工藝和嚴密的菌種體系。如北京華夏康源的金F寶貝肥料發酵劑，復合了大量功能微生物，菌種發酵能力極強，幾乎能發酵一切需要發酵的物料，操作非常簡單。
發酵工藝的控制，一定要按照廠家的要求來操作，如是否要保持嚴格厭氧，是否要進行通風好氧發酵等；水分是否有嚴格要求；是否要加輔助劑等。采用金F寶貝發酵床對各種物料的水分要求大致在60%-70%之間，采用好氧發酵，不需要加入紅糖水等輔料。
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