經過多年發展，特別是近十幾年的快速發展，我國已成為世界磷復肥生產、消費和出口大國，不過也暴露出磷復肥產業大而不強、產能過剩、盈利能力弱等問題。近期國家提出了農產品提質增效的目標和化肥減量提效的發展要求，未來3~5年將是磷復肥行業重要的轉型時期。 磷復肥行業的產業結構調整要緊緊圍繞控制產業總規模、優化產業結構(包括原料結構、產品結構、組織結構和生產布局)、增強自我創新能力、提高資源利用效率、加強環境保護和安全生產進行。
規模上，到“十三五”末，磷肥產能要控制在2400萬噸/年以下，以市場化的手段淘汰部分能耗、物耗高，管理水平差，存在安全和環保隱患的企業，逐步將行業產能發揮率提高到80%。
原料結構調整上，一要多渠道增加國內硫資源的供應量，力爭對外依存度下降5個百分點;二要加大中低品位磷礦利用量，磷礦浮選的入選磷礦品位下降2~4個百分點，提高磷資源利用效率;三要開發磷礦浮選尾礦再利用的新途徑。
產品結構調整方面，要穩定基礎肥料的發展規模，擴大終端肥料產品如水溶肥、緩(控)釋肥料、有機—無機肥料、液體肥料、專用肥料等肥料品種的應用范圍，肥料利用率提高3~5個百分點;擴大濕法磷酸精制規模，加大精制磷酸的后加工力度，豐富磷肥企業磷化工的產品結構;完善和提高半水法、半水—二水法濕法磷酸生產工藝，不斷擴大應用范圍;提高氟硅資源回收利用產業化水平，研究開發中高端氟硅制品。
產業布局調整方面，要繼續實施基礎肥料生產以資源產地為主，終端肥料靠近市場的布局調整思路。在組織結構調整上，要引導現有磷復肥企業實施礦肥結合、礦化結合、肥化結合、酸化結合，發展與磷肥相關產業;同時鼓勵對縱向和橫向的相關企業兼并重組，組建多產業結合的大型綜合性企業集團公司，提高企業綜合實力和應對市場風險的能力。
節能減排上，一要實現磷銨生產廢水零排放;二要積極開發和推廣磷石膏無害化預處理技術及生產新型石膏建材產品技術，不斷提高磷石膏綜合利用水平，磷石膏利用率力爭達到年產生量的40%。
此外，要想實現行業健康可持續發展，還需要有一些政策措施予以保障。
譬如，嚴格市場準入，建立落后產能退出長效機制，保持總供給與總需求的基本平衡;同時加快肥料產業市場化進程，為行業創造寬松的國內外市場競爭環境。
發展高效、環保型肥料，深入開展測土配方施肥，大力發展增效肥料、功能性肥料和作物專用肥，減少肥料使用量，實現行業提質增效。
加快提升科技創新能力，組建一批引領行業技術創新的研發合作平臺，在各項政策上予以扶持，力爭在肥料增效技術、大型磷礦浮選裝置、精細磷酸鹽加工技術、磷石膏預處理及化學法處理技術等方面有所突破;鼓勵依托產業優勢發展濕法磷酸精制及深加工等新產業鏈，形成“堅持化肥、走出化肥”的特色產品結構。
著力推進綠色發展，全面實現節能減排目標，同時推動各種伴生資源回收利用和廢水、廢棄物的綜合利用。
積極推進兩化深度融合，搭建電子商務平臺，創新商業服務模式;建立健全行業監督及產品追溯系統，杜絕假冒偽劣，提升企業品牌效益;以能源管理為突破口推進智能化應用，提高企業勞動生產率、安全運行能力、應急響應能力、風險防范能力和科學決策能力。
大力加強農化服務，主動適應農業深化改革和集約發展的新要求，構建集測土配方、套餐肥配送、科學施肥技術指導、農技知識咨詢培訓、示范推廣、信息服務等為一體的農化服務網絡體系，創新農化服務模式。
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