經國務院批準，財政部、海關總署和國家稅務總局印發了《關于對化肥恢復征收增值稅政策的通知》，規定自9月1日起，對納稅人銷售和進口的化肥，統一按13%稅率征收增值稅，原有的增值稅免稅和先征后返政策相應停止執行。 最新研究報告認為，恢復增值稅中長期有利于化肥行業競爭格局優化。目前我國化肥行業產能過剩局面較為明顯，增值稅的征收將通過適度提高化肥企業成本，加速淘汰規模小、設備落后、盈利能力差的中小生產企業，同時對行業內部分企業利用原有增值稅優惠政策，在原料采購和產品銷售過程中實施不規范操作起到更強的約束監管，總體有利于提升化肥行業運行的規范度，進一步優化行業競爭格局。
專家認為，征收增值稅對行業長期成本沒有明顯影響，但在復征起始節點前后，由于緩沖期不確定和企業調整速度快慢不同，對局部市場將產生影響。氮、磷、鉀、復合肥中，增值稅對鉀肥的影響較大。
據記者了解，自1994年以來，國家對國內生產流通和進口的部分化肥品種一直實行免征或者先征后返增值稅等優惠政策，在保障化肥供應、穩定農資價格、支持農業生產等方面發揮了積極作用。
“但隨著形勢的發展變化，上述政策的弊端日益顯現。”財政部稅政司有關負責人表示，由于化肥價格管制已經全面放開，供求關系已經由供不應求轉為產能過剩，且隨著營業稅改征增值稅改革試點的推進，化肥企業的進項稅抵扣越來越充分，繼續對化肥實行增值稅優惠政策的必要性不大。
當前，化肥價格處于相對低位，市場供應充足、競爭充分，為化肥增值稅優惠政策的調整提供了有利契機。同時，國家對有機肥仍然在生產流通全環節實行免征增值稅政策，有利于鼓勵有機肥的生產和使用，優化用肥結構，促進農業可持續發展。此外，由于國家設有農資綜合補貼并動態調整等制度安排，即使化肥價格出現一些波動，調整化肥增值稅優惠政策對正常的農業生產和農民增收不會產生大的影響。
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