就土壤改良效果而言，商品有機肥要優于普通糞肥，這是因為商品有機肥的有機質含量要高，而且使用更加安全。按照國家對商品有機肥的登記標準（NY525-2011），商品有機肥中有機質含量≥45%，總養分（氮磷鉀）≥5%，水分≤30%，酸堿度5.5-8.5，重金屬要求是總砷≤15mg/kg、總鉛≤50mg/kg、總汞≤2mg/kg、總鉻≤150mg/kg、總鎘≤3mg/kg。據了解，菜農使用商品有機肥后感覺不如糞肥有效果，這是因為使用的方法沒有改變造成的。在這里提醒菜農，使用商品有機肥時要做好以下三點：

　　首先，底施要足量。

　　有些菜農感覺商品有機肥價格較貴，不如糞肥用量大。但在改良土壤時需要補充足夠的有機質才能起到一定的效果。因商品有機肥已經過無害化處理，不會像糞肥那樣產生燒根熏苗的情況。因此，使用商品有機肥時要使用足夠的數量。底施商品有機肥建議每畝用量在2噸以上。

　　其次，穴施溝施要正確。

　　很多菜農的有機肥使用方式是穴施或溝施，需要注意的是要與植株根系保持一定的距離。在山東省壽光市古城街道發生過過這樣的情況，有機肥溝施以后彩椒卻定植在了有機肥的正上方，隨著根系的下扎，根系遇到肥料集中的地方產生異常。當商品有機肥采取穴或溝施等集中施用的方式時，應與根系保持一定的距離。比如在兩行蔬菜的中間溝施，也可在兩棵植株間穴施。

　　再次，講究與其它肥料配合。

　　商品有機肥的主要作用是改良土壤，維護土壤生態。里面含有的大中微量元素畢竟有限。在使用時一定要與其它類型的肥料相互配合使用，如普施、溝施時可以與生物菌肥混合施用（如商品有機肥+裕原康莊或裕原硅寶），也可以配合與復合肥或大量元素水溶肥施用等等。