育種最基本的根據是遺傳學，這一點非常容易理解，也就是大家常說的龍生龍鳳生鳳。其次是自然界的優勝劣汰法則，育種就是將優良的品質保持下去而將劣質的品質拋除的過程。雜交育種即讓同一物種不同品種的個體之間相交，把分散在不同品種間的優良性狀集中到一個新的品種上，這就是常說的雜種優勢。育種就是在雜交后代中選留符合育種目標的個體進一步培育，直至獲得優良性狀穩定的新品種。

　　拿小麥育種來說，如果有兩個品種，一個品種穗大、品質好、產量高，但是易倒伏、抗病能力差，另外有一個品種產量極低、品質差，但是根系發達、抗倒伏、抗病性強，能不能將二者的優勢互補呢？從理論上講，這兩種小麥品種如果能夠雜交，就能夠從中選出既具高產量、高品質，又具根系發達、抗病性、植株矮化的新品種。我們先將這兩個品種進行雜交，然后將雜交后收獲的種子播下去，種出來的第二代小麥可能就出現了很多分化，有的長的比兩個親本長得好，有的差；再選擇其中長得好的優勢種群選出來，再播種再收獲，如此反復，直到種出的種子都保持高產、優質、抗病、抗倒伏等優良性狀保持穩定為止。這樣的種子即是我們用于大田推廣的優良品種。

　　這種育種方式是最基本最基礎的方法，簡單點兒說，育種過程是先雜交后自交。小麥的花是兩性花，即一朵小花中既有雄蕊又有雌蕊。小麥是嚴格自花授粉作物，而且花非常小，這就意味著實現小麥人工雜交的工作量非常大。在實際操作中，要根據確定的雜交組合在母本的群體中選擇典型、健壯的主莖穗，并去掉發育不良的小花，然后將保留的小花去雄（即取出雄蕊），然后將父本的花粉授到母本，這樣就完成了育種的第一步：雜交。同樣是禾本科的水稻育種通過人工去雄的方式則很難獲得雜交種，主要原因是水稻花的結構與小麥不同，去雄難以實現，即使能夠去雄獲得的種子也往往發育不良，不能獲得優良的種子。因此袁隆平院士發現的水稻雄性不育植株成為水稻育種史上的一個里程碑。

　　玉米育種與小麥恰恰相反，是先自交后雜交，其共同點是要通過連續多年的自交來選育優良的基因純合體，不同的是小麥育種是先雜合后純合，玉米育種是先純合后雜合。玉米的花是單性花，即一朵花中只有雌蕊或只有雄蕊。玉米是異花授粉作物，其異花授粉率為20%-50%，因此玉米的雜交相比小麥要簡單得多。育種時，要同時制備父本和母本的自交系，經過幾年的純合后，將兩個自交系在一起種，一行父本，兩行母本，再將母本的雄穗去掉，授上父本的花粉，母本即產生第一代單交種。這就是我們大田推廣的雜交一代（F1）。

　　所以說小麥種可以留種，今年收獲的種子種下去，來年收獲的還是同樣的種子。玉米種則不能留種，今年收獲的種子種下去，不但長得參差不齊，籽粒形狀也不同，單產也會降低。

　　總之，所有的育種方法都離不開這些基本原理，要么先雜交要么先自交，自交是為了獲得控制某種性狀的基因的純合體，雜交則要體現親本間的優勢互補�，F代育種由于采用了更先進的物理、化學處理方法，大大加快了育種的進程。