有機肥料能為農作物提供全面營養，促進土壤微生物繁殖，改良土壤結構，增強土壤的保肥供肥與緩沖能力，對增產具有重要的作用。但有機肥成分復雜，在施用時做到合理尤為重要。施用不當會造成養分流失，甚至出現農作物根系吸水困難，發生燒根、僵苗等現象。 有機肥應充分腐熟后施用
一些動物糞便如豬牛欄肥以及人糞尿未經發酵腐熟直接施入土壤，這些未經腐熟的有機肥在土壤中經微生物分解發酵，產生的氨氣容易引發作物燒根、中毒，有的還會滋生雜草和傳播病蟲害。因此，應提倡將其充分發酵后施用，提倡在田邊地頭建貯糞池發酵的方法，或者將堆肥堆積加水濕潤，用泥封住，使其溫度達到35～40℃，經過25～30天即可發酵完畢，高溫法將糞肥在60℃條件下充分發酵，可殺滅其內的蟲卵和雜草種子，使用時更安全有效。
不宜過于集中或施用量過大
尤其在旱地作物施肥時，如果直接將有機肥施于行間或作物根部附近，因旱土持水量小，根系周圍一時濃度過大，根系接觸到肥堆后，會造成作物生理失水，形成反滲透現象，作物不但吸收不到養分，反而會使根系內的水分和養分外滲，使作物生長不良或出現萎蔫而失水死苗，出現土壤養分不平衡，因此應將有機肥作底肥，均勻地拌于土壤中，做到與土壤融為一體。在生長期施有機肥，應開溝條施或穴施，施后覆土，切不可撒于地面。葉菜類蔬菜一般不宜用高濃度液體有機肥作葉面肥噴施。
曬干施用肥效損失大
在一些地方習慣將有機肥料如豬牛欄糞肥，在太陽下曬干，或者施在旱土作物表土上，這樣做的結果是讓糞肥長期日曬雨淋，氮素基本上揮發損失掉了，速效磷鉀也會大半流失，而且污染環境。有的地方在采用秸稈還田作有機肥源時，因發酵腐爛不充分，又過于集中施用稻株行間，結果是在腐爛中產生大量硫化氫，多有氣泡冒出，使稻根變黑，禾苗遲發，不及時補救會使全田出現僵苗，引起減產。遇到這種情況，應立即排水曬田，在排水曬田后及早噴施復硝酚鈉等促進根系生長的生長調節劑，并加1%磷酸二氫鉀和1%尿素混合噴霧，可較好恢復正常生長。
合理搭配使用
秸稈、豬牛欄糞肥、綠肥等有機肥，其纖維素（即碳素）含量多，氮素含量少，如果這種肥料用量過大，易引起農作物前期缺氮和僵苗不發，這就是稻田秸稈還田必須配施碳銨來補充氮素的道理。因此作物施用有機肥不是越多越好，一般每畝施欄肥1000～1500公斤或綠肥1000～1500公斤，并在施用時加入適量的碳銨或尿素，以調節其碳氮比，滿足微生物的需要，防止出現微生物與作物爭氮的現象。有機肥中的羊糞養分含量高，分解速度快，肥效較猛，應在施用時加入適量豬糞或牛糞，達到肥效平穩的目的。有機肥料中配施磷肥，有利于提高磷肥肥效，有機肥料與生物肥料搭配也有利于提高肥效。
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