土壤中的有機質能顯著改善土壤的理化性狀，使土壤耕性變好，滲水能力增強，提高土壤蓄水、保肥、供肥和抗旱防澇能力，增產明顯，這是化肥不能替代的。增加土壤有機質的方法主要是增施有機肥。
在過去傳統農業生產中，有機肥發揮了重要作用。隨著現代工業發展，化肥的施用亦越來越廣泛，具有施用簡便、速效和高產的特點，為農業生產發展做出了重大貢獻。但如果不遵循“以有機肥為主，化肥為輔”的施肥原則，長期單一、大量使用化肥，易造成土壤板結，地力下降，土質酸化嚴重，反而會制約作物產量，影響產品品質。
農業現代化的不斷發展，有機肥在農業生產中的作用重新受到重視，用有機肥種出的農產品口感佳，能夠有效保持瓜果蔬菜等本身特有的營養和味道，有機肥在農業生產中的作用也逐漸被廣大群眾所認知：
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有機肥中有大量的有益微生物，能分解土壤中的有機物，增加土壤的團粒結構，改善土壤組成。微生物在土壤中的繁殖速度非�？�，他們就像一張看不見的大網，錯綜復雜。微生物的菌體死亡后，在土壤中留下了很多微細的管道，這些微細的管道不但增加了土壤的透氣性，而且還使土壤變得蓬松柔軟，養分水分不易流失，增加了土壤蓄水蓄肥能力，避免和消除了土壤的板結。
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有機肥中的有益微生物還能抑制有害病菌的繁殖，這樣我們就可以少打農藥，如果連續多年施用，可以有效抑制土壤有害生物，省工、省錢、還無污染。小伙們都驚呆了！
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土壤中的微量元素95%以不溶態形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代謝產物中含有大量的有機酸類物質，這些物質就像在冰塊中加入的熱水一樣，很快就能把微量元素鈣、鎂、硫、銅、鋅、鐵、硼、鉬等植物必需的礦物元素溶解，變成可以被植物直接吸收利用的營養元素，大大增加了土壤的供肥能力。
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生物有機肥中的枯草芽孢桿菌等有益微生物利用土壤中的有機質，產生次級代謝物，其中含有大量的促生長類物質。
如生長素，能促進植物伸長生長，
脫落酸，能促進果實成熟，
赤霉素能促進開花坐果，增加開花數、保果率，提高產量，使果實飽滿，色澤鮮嫩，還能提早上市，達到增產增收。
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有機肥中的微生物具有很強的生命力，在土壤中長期存活，固氮菌、解磷、解鉀菌等微生物，可利用空氣中的氮并釋放土壤中不易被作物吸收的鉀和磷，持續供給作物養分。所以有機肥還具有長效性。
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據相關數據證實我們實際生產中化肥的利用率只有30%～45%。損失的化肥一部分分解釋放到大氣中，一部分則隨著水土流失掉了，還有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收利用，而且還會造成土壤鹽漬化和板結等不良后果。當我們施入有機肥后，其有益生物活動就能改善土壤結構，增加土壤保水保肥能力，從而減少了養分的流失。加上有機質有益微生物解磷解鉀作用，能使化肥有效利用率提高到50%以上。（有機肥農化大全）