在無公害花椰菜生產中，花椰菜允許使用的肥料基本分為4大類：

⑴有機肥：包括人畜糞尿、堆肥、漚肥、沼氣肥、綠肥、作物秸稈、泥肥、餅肥、草木灰、爐渣等。除草木灰、爐渣外其余均在施用前應充分腐熟。（經過高溫發酵后有機糞肥可100%殺死大腸桿菌等病原微生物，可以減少體積和重量1/2-1/3，便于田間運輸使用。另外，未腐熟的有機肥在施到田間后再進行發酵，容易燒傷菜根。）⑵生物菌肥：包括腐殖酸類肥料、根瘤菌肥料、磷細菌肥料、復合微生物肥料等。⑶無機肥料：如硫酸銨、尿素、過磷酸鈣、硫酸鉀等既不含氯、又不含硝態氮的氮磷鉀化肥，以及各地生產的花椰菜專用肥。⑷微量元素肥料：即以銅、鐵、硼、鋅、鉬等微量元素及有益元素為主配制的肥料。

花椰菜配方施肥的原則；

花椰菜配方施肥總的原則就是根據生長過程中需要施肥，缺什么養分，施什么肥料；缺多少量，施多少肥料；各地應推廣花椰菜配方施肥技術，提倡使用花椰菜專用肥。這樣不僅可協調土壤與作物的養分供需矛盾，減少因盲目施氮肥過多所造成的浪費，也可避免土壤中磷的富集及鉀的過量消耗，有利于維持土壤養分平衡，進而提高土壤肥力，為花椰菜生產持續發展奠定基礎。