化肥在農業生產中起著舉足輕重的作用，具有養分含量高、肥效快、易保存等多種功效，但是，我們在施用化肥的同時還應該認識它的弱點和負面作用： 養分不齊全。一般化肥不含有機質，成分比較單一，只含一種或兩三種養分。即使復合肥料可以增加多種養分，也很難做到像農家肥料那樣的全面性。
局限性�；蕦ν寥�、作物存在局限性，即適用性問題。使用化肥要選擇，才能獲得滿意的效果，不然會事與愿違。比如氯化銨不能用于煙草、甜菜、甘蔗等忌氯作物；石灰氮不宜用于堿性土壤等。
重金屬和有毒元素有所增加，直接危害人體健康。產生污染的重金屬主要有Zn、Cu、Co和Cr。從化肥的原料開采到加工生產，總是給化肥帶進一些重金屬元素或有毒物質。
導致土壤酸化加劇，pH值變化太大。
當前，農家肥料依然是農業上一個重要的肥源，因此在農業生產中應該科學施肥，注重農家肥料與化學肥料相互取長補短，相得益彰。
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