番石榴肥料之施用應以緩效性有機肥料為主，化學肥料為輔。有機肥料范圍很廣，包括植物質、動物質及動物排泄物等。有機肥料成分極為重要，常用的有米糠、蓖麻粕、菜籽粕、黃豆粉、花生粕、廢棄稻殼、甘蔗渣、廢棄菇類木屑、泥炭、動物性毛骨粉、牛糞、雞糞、豬糞尿、魚精、海藻精及蚵粉等。使用市售袋裝腐熟完全的有機肥料，應注意有的堆肥中混入了尿素、硫酸銨、磷礦石粉或硅酸爐渣等其他物質，甚至有化學成分濃度高造成肥害的現象。黏質土壤有機質含量低者，建議使用纖維成分較高的有機質，因其碳氮比值較高，分解速度較緩慢，長期施用可逐年增加土壤有機質含量，以改善土壤理化性。以禽畜糞為主體的有機肥因氮、磷含量比較高，且所含銅、鋅等重金屬含量較高，不宜長期使用。