由于一些農民對化肥、農藥的性能不甚了解，把用剩的化肥和農藥存放在一起，孰不知兩者混存會產生不良的效果。 1、容易使農藥分解失效。農藥大多數呈中性或酸性，遇堿會發生化學反應，例如碳酸氫銨為堿性肥料，這種肥料在貯存時易揮發出氨氣，再與潮濕的空氣結合形成堿性物質，致使農藥分解失效或破壞理化性狀，造成結團結塊，降低農藥藥效。
2、容易引起爆炸或燃燒事故。比如硝酸銨在日光曝曬、撞擊或高溫下會發生自然爆炸；一旦遇到易燃農藥也會發生燃燒現象。如果化肥和農藥堆放量多時，效果將更嚴重。
3、腐蝕農藥包裝，會給農藥使用帶來不必要的麻煩。如過磷酸鈣等酸性肥料在儲存時，會揮發出游離酸，使倉庫內潮濕的空氣呈酸性，多數農藥包裝在酸性環境下易被腐蝕而損壞。因有些化肥和農藥品種的外形很相似，在使用時很容易拿錯而引起人畜中毒事故的發生。 另外，化肥不能與種子堆放在一起，也不要用化肥袋裝種子，以免影響種子發芽。
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