不僅在對微生物肥料認識上存在誤區，在使用過程中也同樣存在誤區，而在使用時沒有避開這樣的誤區就會造成微生物肥料沒有效果。使用中存在的誤區有以下三個方面：

1、與化學農藥混用，降低活性。微生物肥料中含有活菌成分，將微生物肥料與殺細菌藥劑混合使用且長時間放置，極易影響菌的活性降低并造成部分菌死亡�！�

2、重視使用，輕視使用量。使用微生物肥料產品能取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物種類繁多、數量巨大，接種的外來有益菌要形成優勢菌群，需要經歷來自環境的考驗和土壤原有微生物的競爭，為了促進有益菌的繁殖需要人為創造有利于有益菌生長的條件，如改良酸化土壤，調整土壤酸堿度；增施有機肥，提高土壤物理肥力；增加微生物菌的數量等�！�

3、使用時期掌握不當。多數微生物怕紫外線、高溫，所以土壤表層撒施、高溫強光下噴霧使用一定沒有效果。做底肥、溝施、穴施、灌根使用時采取局部用肥的方法更有利于肥效的發揮。不同類型的微生物菌劑不要亂用。比如用于糞肥發酵的菌劑中主要含量嗜熱菌、厭氧菌等，能夠適應糞肥發酵時產生的高溫環境，而使用一般的菌劑或菌肥不僅沒有效果還造成資金浪費。