微生物肥料在改良土壤、防控根部病害、提高品質方面效果顯著。在蔬菜栽培區域，用了微生物菌肥的棚室蔬菜長勢要比未使用的要好，最直觀的表現是根系好、死棵少、黃葉少，這些用出了效果的菜農對菌肥產品十分認可。而一部分菜農也用過微生物肥料，使用后沒有達到預想的效果，因此對菌肥產品很失望。

對微生物肥料認識上存六大誤區

1.靠見效速度評價產品好壞

微生物肥料效果的發揮與微生物菌群繁殖速度、菌群數量關系緊密，菌群生長存在周期，這一點是與化學肥料和植物調節劑的最大區別，這也就出現了微生物肥料速效性不如化學肥料與植物調節劑的現象。見效慢并不意味著微生物是無效果的，能在較短時間內就可以看到作物長勢明顯改善的品種也未必是好的菌肥或菌劑，其中也不乏一些添加了植物調節劑的品種�！　�

2.種類混亂，分不清使用的是菌劑還是菌肥

微生物肥料包含復合微生物肥料和生物有機肥：復合微生物肥料是有益微生物與營養物質復合而成的活菌制品；生物有機肥是有益微生物與經無害化處理的有機物料（畜禽糞便、農作物秸稈等）復合而成的活菌制品。菌劑、菌肥最大的區別在于產品中營養物質及有機物料的含量，使用中需結合實際需求選擇對路產品。

3.認為一種產品中菌的種類越多、菌種數量越大越好

微生物肥料的使用效果會受到不同菌種生長習性的影響，盲目的復合，極易造成菌種間的拮抗，影響效果發揮。數量不能代表全部，不但要看菌數量，還要看有效活菌的數量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌數量越大效果會表現越好。

影響產品使用效果的因素除了菌的種類及數量外，菌的純度至關重要，當產品中霉菌雜菌數及雜菌率超標時也會影響應用，市場上少數不合格產品中會含有致病菌，本意是用有益菌修復土壤，使用了不合格品種，反而會引起致病菌繁殖，導致病害發生。

4.認為使用一次就可以，一次使用作用可持續多年。

部分微生物施入土壤后會大量繁殖，當數量達到一定程度后就會成為優勢菌群，但隨著外部環境的改變，如化肥的超量使用、殺菌劑的使用、高溫悶棚等都會導致有益菌死亡，從而影響有益菌群在土壤微生物系統中的地位，要繼續保持有益菌群的地位，就需要在作物的生長期多次使用微生物肥料來補充有益菌。

5.不注重菌的種類，認為一種菌可以解決多種問題。

菜農在選購微生物肥料時只注重是不是含菌，而不關注菌的種類，缺乏對癥用菌的意識，使用了不對癥的菌品種，產品效果難以發揮，難以達到用戶目的�，F階段在農業部獲得登記的微生物品種有根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、解磷類微生物菌劑、硅酸鹽微生物菌劑、光合細菌菌劑、有機物料腐熟劑、促生菌劑、菌根菌劑、生物修復菌劑。

6.微生物肥料可以替代化肥　　

土壤肥力由生物肥力、化學肥力、物理肥力三部分組成，使用微生物肥料后能提高土壤的生物肥力，可以間接促進化學肥力和物理肥力的提高。使用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料利用率，減少部分化肥的投入。