第一類是含有害離子的肥料：氯化銨、氯化鉀含有大量的氯離子，施入土壤后可能會燒種燒苗；硝酸銨、硝酸鉀等肥料，含有硝酸根離子，對種子發芽有嚴重影響，故也不宜用作種肥。

　　第二類是含有毒物質的肥料：尿素中含有1%左右的縮二脲，對種子和幼苗會產生毒害作用，而且含氮量高的尿素分子會滲入種子蛋白質分子結構中使蛋白質變性，對種子和幼根產生毒害。

　　第三類是含有揮發腐蝕性物質的肥料：碳銨、氨水等，有強烈的揮發性，易熏傷種子和幼苗；普鈣含有5%左右的游離硫酸和磷酸，對種子發芽和幼苗生長會產生危害，一般不宜作種肥。