有機肥料是生產綠色食品的主要肥源，有機肥能增進自然體系和生物循環利用，使足夠數量的有機物返回土壤中，用于保持和增加土壤有機質，土壤肥力和土壤生物活性，因為，在綠色食品生產中必須十分注意保護良好的生態環境，必須限制無機肥料的過量使用，所以，有機肥料才是生產綠色食品的主要肥源。為了使綠色食品的生產有足夠數量的符合要求的有機肥料，必須做好如下幾個方面。

①為了保證有充足的有機肥源，首先要把現有的有機肥資源利用好，大量積制農家肥，特別要杜絕隨處試棄畜禽糞便，曬糞干和焚燒秸稈的現象。

②有機肥材料的收集主要是人畜禽的排泄物、餅粕、食品加工的下腳料、秸稈、泥炭、山青、湖草等。

③有機肥的加工有多種方式，生產的各類有機肥料要符合下列各項標準。