有機肥作為基肥，可鋪在苗床上，局部改良土壤。也可在播種前翻地時，將有機肥料撒到地表，隨著翻地將肥料全面施入土壤表層，然后耕入土中。這種施肥方法簡單、省力，肥料使用均勻。該施肥方法適宜于：一是種植密度較大的作物；二是施用量大、養分含量低的粗有機肥料；具體施用原則如下： 第一，條施、穴施、集中施用（特別是生物有機肥和功能性有機肥）。從肥效上看，集中施用特別對發揮磷素養分的肥料最為有效。如果直接把磷素養分施入土壤，有機肥料中速效態磷成分易被土壤固定，因而其肥效降低。溝施、穴施的關健是把養分施在根系能夠伸展的范圍內。因此，集中施用時施肥位置是重要的，施肥位置應根據作物吸收肥料的變化情況而加以改變。最理想的施肥方法是，肥料不要接觸種子或作物的根，距離根系有一定距離，作物生長一定程度后才能吸收利用。
集中施用并不是離定植穴越近越好，最好是根據有機肥料的質量情況和作物根系生長情況，采取離定植穴一定距離如至少5cm或者將有機肥條施于苗床下面10-15cm作為待效肥施用。在施用有機肥料的位置，通氣性變好，根系伸展良好，還能使根系有效地吸收養分。
第二，液體有機肥，含有大量速效養分，隨灌溉施用，作追肥。有些腐熟好的有機肥料也可作追肥施用。但作追肥應注意以下事項：其一，有機肥中大量緩效養分釋放需一過程，所以有機肥料做追肥時，同化肥相比追肥時期應提前幾天。其二，有機肥料養分含量低，當有機肥料中缺乏某些成分時，可施用適當的單一化肥加以補充。其三，制定合理的基追肥分配比例。對高溫栽培作物，最好減少基肥施用量，增加追肥施用量。
第三，有機肥的養分供應另一原則是要滿足有機肥提供的氮素：化肥提供的氮素=1:1需求。
第四，不同質地土壤中有機肥料養分釋放轉化性能和土壤保肥性能不同，應采用不同的施肥方案。砂土應增施有機肥料，提高土壤有機質含量，改善土壤的理化性狀，增強保肥保水性能。但對于養分含量高的優質有機肥料，一次使用量不能太多，使用過量也容易燒苗，轉化的速效養分也容易流失，養分含量高的優質有機肥料可分底肥和追肥多次使用。也可深施大量堆腐秸稈和養分含量低、養分釋放慢的粗雜有機肥料。粘土地施用的有機肥料必需充分腐熟；粘土養分供應慢，有機肥料應可早施，可接近作物根部。
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