有機肥料的腐熟是通過微生物的活動，使有機肥料發生兩個方面的變化，一方面是有機質的分解，增加肥料中的有效養分；另一方面使肥料中的有機質由硬變軟，質地由不均勻變得均勻，并在腐熟中使雜草種子和病菌、蟲卵大部分被殺死，從而更符合農業而生產的要求。 富含有機質的有機肥料，其養分形態絕大多數是遲效性的，作物不能直接吸收利用，如果把未腐熟的有機肥料施入土壤中，往往由于分解緩慢，不但當季肥效差，同時還會滋生雜草和傳播病菌、蟲卵等。
所以在農業生產上，常在施用前采取堆積的方式使農家肥腐熟。腐熟還能使農家肥釋放養分，提高肥效，避免肥料在土壤中腐熟時產生某些對農作物不利的因素。如與幼苗爭奪水分、養分或因局部地方產生高溫，氨濃度過高而引起燒苗等。因此說，只有腐熟的有機肥料才有顯著改善土壤性質的作用。
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