目前較好的有機肥的腐熟方法是高溫堆肥。高溫堆肥以有機肥料，作物秸桿為主要原料，堆內最好不要摻土。發酵產生的高溫能殺死病菌，蟲卵和雜草種子，肥料腐熟較快。而普通堆肥由于摻土較多，發酵較慢，腐熟過程中堆肥溫度變化較小，腐熟所需時間較長，質量較差。高溫堆肥的方法是：將有機肥與作物秸桿（鍘成10厘米左右），加入一定比例的水（含水量50%～60%），夏季水分稍多，以防氮肥灰化。冬季宜少，以免因通氣不良而發熱緩慢。之后進行堆積，堆高寬各1.5～2米，長不限，并在堆外覆蓋4～6厘米厚的細土。前期堆腐是好氣發酵，要疏松通氣，可在堆中設置多個通氣孔，堆腐20天后進行第一次翻堆，將外層翻倒至內層，內層翻倒至外層。再繼續堆覆20天，進行第二次翻堆。當堆肥表層形成以真菌菌絲為主的白毛時，標致堆肥進入嫌氣發酵階段，此時應將肥堆壓實，用泥土密封，防止氮肥的損失，使其緩慢地進行后期的腐熟。一般堆肥夏季約需1-2個月，冬季約需3-4個月即可腐熟使用。