有機肥料體積大，一般都堆放在露天場地，為了保持肥料的有效性，要依照不揮發、不滲漏的原則，存放在避風、防雨的地方，并注意遮蓋密封、人糞尿、草木灰、廄肥和堆肥等有效養分易于流失和揮發要分別采取措施，人糞尿應加蓋，最好加少量過磷酸鈣或石膏，以防止氨的損失；草木灰的保存在不受雨淋或風吹的地方；漚肥池應防滲透并搭棚遮陰；廄肥和堆肥的上部和四周需草蓋或泥封。