中國僅以世界耕地面積的百分之七養活世界五分之一的人口，提高單位面積產量和滿足不斷增加糧食的需求，是農業持續發展的需要。 肥料是植物的“糧食”，微生物肥料與有機肥料、無機肥料三者構成了肥料的總體，對作物生長各起不同的作用。施用有機肥料是農業生產的基本組成部分，是我國幾千年傳統的施肥方式，它不僅可以為農作物提供全面的營養，促進作物生長，而且還可以改良土壤物理、化學和生物性狀，熟化土壤，培肥地力。只施用有機肥料，可以維持土壤肥力和一定的生產能力，但難以提高單位面積產量和滿足不斷增長的人口需要�；瘜W肥料含有豐富速效的養分和能量，合理施用化肥，能使作物產量大幅度提高，在農業持續發展的現階段施用化肥是必不可少的。
微生物肥料新版定義為：“是指特定微生物活體的制品，應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長，改善農產品品質及農業生態環境。”這一定義明確指出微生物肥料是一種有機的生物活體，一種新型肥料。它不僅為農作物提供了生長所必需的各種營養元素，而且增加了土壤中有益微生物的活性，同時克服了化肥的過量施用和不平衡施肥造成的弊端。過量施用化肥會對自然生態造成破壞，如環境中硝態氮含量的增加，保護地的次生鹽漬化，某些土壤結構的破壞，對蔬菜、水果品質的影響，最后造成化肥報酬率的降低和土壤退化。
微生物肥料又擔負著土壤有機質向腐殖質轉化的重任，增加土壤團粒結構，提高保水保肥能力，活化被土壤固化了的養分，提高了化肥利用率。同時微生物肥料中有益微生物向土壤分泌各種有益物質，生長刺激素、吲哚乙酸、赤霉素和各種酶，從而有效地促進養分的轉化，減輕了土傳病的發生，修復了污染的土壤。因此，微生物肥料可以說是綠色農業和有機農業的理想肥料，在農業可持續發展中有著廣闊前景。
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