有機肥與化肥的主要區別在于：有機肥養分全面，養分配比天然合理，釋放緩慢，一般不會導致養分供應失衡；而化肥養分比較單一，養分釋放快，一般生產者難以完全做到科學控制養分的用量、配比和釋放速率，很容易因過量施肥或養分供應失衡而造成產品質量下降和環境污染，所以有機食品規定只許施用有機肥，不許施用化肥是有道理的。但有機肥如果選用不當也會帶來食品安全和環境污染問題，特別是當有機肥含有污染元素或有害物質及過量施用時。因此只施用有機肥的不一定就是安全食品，更不一定是有機食品。