施用有機肥對提高農作物產量和農產品品質有重要作用。然而，隨著科技的進步和土壤肥力水平的不斷提高，生產中已發現，過多的施用有機肥已產生了許多不良后果，不僅造成了土壤鹽分累積增加，而且對土壤容重、有機質、團聚體和微生物等帶來不良影響，不利于農作物的正常生長。因此，我們要科學合理施用有機肥，須注意以下三點：
1、選擇優質的有機肥。
目前市場上商品有機肥的品種越來越多，但商品有機肥質量普遍不高，有些甚至摻雜了城市污泥、生活垃圾等，達不到有機質含量的標準。因此，在生產中一定要選用優質、無污染的有機肥，并經充分腐熟。如果需要購買商品有機肥，應選用正規大廠家生產的。
2、嚴格控制施肥量。
一般情況下，每畝每季菜地的控制量為純雞糞1500～2000千克或優質餅肥50～100千克，充分腐熟的優質人畜糞3500～4000千克。果實類和塊莖類蔬菜作物需肥量較大，可取其上限；而綠葉菜類作物需肥量相對較小，可取其下限。
3、與生物肥配合施用。
生物肥中的生物菌能加速有機肥中有機物的分解，使其更有利于作物吸收，同時能將有機肥中的一些有害物質分解轉化，避免其對作物造成傷害。一般在基施有機肥時，可每畝地配合施入生物肥150～200千克；作追施時，可每畝每次配合施入生物肥20～25千克。