全水溶性菌肥主要是在水溶肥、沖施肥或者葉面肥里添加水溶性微生物菌劑，從而起到解藥害、抗重茬、降農殘、增產量、提品質等功效。全水溶性菌肥有固氮菌、解磷菌、解鉀菌。其中，固氮菌能促進作物固定空氣中的自由氮，并能轉化為作物直接吸收利用的有效態氮，減少土壤中氮素的淋失；解磷、解鉀菌能分解釋放土壤中長期吸附、沉積下來的磷鉀元素，轉化為易于作物吸收的水溶性磷鉀，利用率在50%-70%以上。

當肥料不充足時，作物的生長就會受影響。在這時，利用全水溶性菌肥活化土壤本身含有的氮磷鉀，將土壤中沉積的磷、鉀等水解活化供作物吸收利用，提高化肥利用率，減少了化肥使用量，增加了經濟效益。