有些化肥施用于蔬菜后，能夠提高其品格與產量，但有些化肥施用于蔬菜后雖能提高產量，卻會對蔬菜產生污染，引起食用者中毒。

硝酸銨和其余硝態氮肥通常不宜施用于蔬菜。硝態氮肥施入菜田后，會使蔬菜中的硝酸鹽含量成倍增長，硝酸鹽在人體中容易被復原為亞硝酸鹽，亞硝酸鹽是一種劇毒物質，對人體損害極大。

氯化銨、氯化鉀等含氯化肥，不宜施用于西紅柿、馬鈴薯。含氯肥料在泥土中分解后，銨或鉀離子會被泥土吸附或被蔬菜吸收，濃度達到一定程度時，會對蔬菜根系產生毒害，嚴重的會造成蔬菜死亡。

葉菜類蔬菜忌葉面噴施氮肥。蔬菜葉面噴施氮肥，其銨離子與空氣接觸后，易轉化為酸根離子被葉片吸收，加上葉菜類蔬菜生育期短，很容易使硝酸鹽積攢在葉內。因此，忌在葉菜類蔬菜葉面噴施氮肥。

蔬菜施用微肥，能增進蔬菜優質高產，但蔬菜對微量元素需求量極少，過量施用微肥不僅造成浪費，而且對作物易產生毒害，污染環境。硫酸亞鐵每畝用量不能超過3。25公斤。硫酸錳、氯化錳每月畝用量不能超過2。05公斤。硫酸銅每畝用量不能超過2公斤。硼砂、硼酸每畝用量不能超過1。25公斤。