土壤中的微生物在植物生長過程中起著十分重要的作 用，可以說植物的生長與健康需要微生物為其共生伙伴。其作用主要表現在：合成土壤腐殖質，增加土壤有機物質，促進營養物質轉化，改善土壤物理結構，促進自 然界的物質循環具有重要作用等。概括來說就是有機營養，抑制病害，造肥解毒。

微生物在農業中主要應用領域為：

微生物肥料：含有特定微生物活體的制品，可增加植物 養分的供應量或促進植物生長，提高產量，改善農產品品質及農業生態環境。即：提供營養物質，分泌促生物質（生長素、細胞分裂素）。目前常用的有：①固氮微 生物肥料：根瘤菌肥、聯合固氮菌肥、藍細菌菌肥（大豆、花生、玉米、小麥等)；②能分解土壤中的有機質，釋放出其中的營養物質供植物吸收的微生物制品；③ 難溶礦物可溶化肥料：硅酸鹽細菌肥料和磷細菌肥料；④菌根菌肥料；⑤復合微生物肥料。

農用微生物菌劑（微生物肥料）的作用：①改良土壤養 分供應狀況。微生物肥料主要通過各種菌劑促進土壤中難溶性養分的溶解和釋放。同時，由于菌劑的代謝過程釋放出大量的無機、有機酸性物質，促進土壤中微量元 素硅、鋁、鐵、鎂等的釋放及螯合，有效打破土壤板結，促進團粒結構的形成，改善土壤的通氣狀況，還對土壤中有機物的分解起著明顯的作用，并促進了物質的轉 化。②促進作物生長。微生物肥料中許多微生物菌種在生長繁殖過程中會產生對植物有益的代謝產物，這些物質與植物根系接觸后，能夠刺激和調節作物生長。③增 強作物抗病抗逆能力。微生物肥料中部分菌種具有分泌抗菌素和多種活性酶的功能，抑制或殺死致病真菌和細菌；同時微生物菌劑可有效抑制某些種類線蟲病的發 生；還具有明顯的抗旱、耐寒、抗倒伏、抗鹽堿的效果，增強作物的抗病性。能有效預防作物生理病害的發生。

微生物農藥：微生物農藥是利用微生物及其基因產生或表達的各種生物活性成分，制備出用于防治植物病蟲害、環衛昆蟲、雜草、鼠害，以及調節植物生長的制劑的總稱。目前常用于：微生物殺蟲劑、微生物殺菌劑、微生物除草劑、微生物植物生長調節劑。

環境治理：生物修復主要是通過生物的代謝活動將污染物分解成無毒或低毒小分子化合物的過程，被公認為是一種有效、安全、廉價和無二次污染的方法。主要對象：石油、廢水及農藥污染。