近年來，瓜果、蔬菜、花卉等具有經濟價值作物的種植面積不斷擴大，保護地生產面積不斷增加，連年種植一種作物，這些均有利于土傳病害病原菌的生長繁殖。而這類病害如果不及時加以控制，會造成嚴重減產或降低產品質量，甚至造成絕產。土壤消毒是控制土傳病害的重要措施之一，具體的方法如下：

　　藥劑消毒　在播種前后將藥劑施入土壤中，目的是防止種子帶病和土傳病的蔓延。主要施藥方法如下。

　　1、噴淋或澆灌法。將藥劑用清水稀釋成一定濃度，用噴霧器噴淋于土壤表層，或直接灌溉到土壤中，使藥液滲入土壤深層，殺死土中病菌。噴淋施藥處理土壤適宜于大田、育苗營養土、草坪更新等。澆灌法施藥適用于果樹、瓜類、茄果類作物的灌溉和各種作物苗床消毒，常用消毒劑有綠亨1號、2號等，防治苗期病害，效果顯著。

　　2、毒土法。先將藥劑配成毒土，然后施用。毒土的配制方法是將農藥（乳油、可濕性粉劑）與具有一定濕度的細土按比例混勻制成。毒土的施用方法有溝施、穴施和撒施。

　　3、熏蒸法。利用土壤注射器或土壤消毒機將熏蒸劑注入土壤中，于土壤表面蓋上薄膜等覆蓋物，在密閉或半密閉的設施中擴散，殺死病菌。土壤熏蒸后，待藥劑充分散發后才能播種，否則，容易產生藥害。常用的土壤熏蒸消毒劑有溴甲烷、早醛等。此方法在設施農業中的草莓、西瓜、蔬菜的種植和苗木的苗床、綠地草坪栽植等方面均有應用。

　　太陽能消毒　方法是在溫室或田間作物采收后，連根拔除田間老株，多施有機肥料，然后把地翻平整好，在7～8月份，氣溫達攝氏35度以上時，用透明吸熱薄膜覆蓋好，土溫度可升至攝氏50～60度，密閉15～20天，可殺死土壤中的各種病菌。這一方法適合在我國北方地區連年種植草莓、西瓜、花卉的大棚溫室里應用。

　　蒸汽熱消毒　蒸汽熱消毒土壤，是用蒸汽鍋爐加熱，通過導管把蒸汽熱能送到土壤中，使土壤溫度升高，殺死病原菌，以達到防治土傳病害的目的。這種消毒方法要求設備比較復雜，只適合經濟價值較高的作物，并在苗床上小面積施用。