一是有腐蝕作用的肥料。碳酸氫銨具有揮發性和腐蝕性，易熏傷種子和幼苗，過磷酸鈣含有游離態的硫酸和磷酸，對種子發芽和幼苗生長會造成傷害，一般不宜做種肥。
  二是有毒害作用的肥料。尿素在作物的生長過程中，常生成少量的縮二脲，縮二脲的含量若超過2%，對種子和幼苗就會產生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入種子的蛋白質分子中，使蛋白質變性，對種子發芽和幼根產生毒害。
  三是含有害離子的肥料。氯化鉀等含有氯離子的化肥，施入土壤后會產生水溶性氯化物，對種子發芽和幼苗生長不利，甚至燒種燒苗。硝酸銨、硝酸鉀等肥料所含的硝酸根離子，對種子發芽有毒害作用。
  四是未腐熟的農家肥。農村常用廄肥、人糞尿水等做種肥，如果未腐熟，在發酵過程中釋放大量熱能易燒根系，釋放氨氣灼傷幼苗。所以未腐熟的有機肥不要施用，經過堆漚高溫發酵、充分腐熟后才能做種肥。