微生物肥料可用于拌種、浸種、蘸根、做底肥、追肥，溝施或穴施。
　微生物肥料的施用方法比化肥、有機肥要嚴格，因此要注意：一是避免開袋后長期不用。肥料買回家后盡快施到地里，開袋后盡量一次用完。包裝袋打開后其它細菌就可能浸入袋內，使微生物菌群發生改變，影響其使用效果。二是避免在高溫干旱條件下使用。高溫和干旱會影響微生物菌群的生存和繁殖，不能使肥料發揮其良好的作用。三是避免與未腐熟的農家肥或過酸堿的肥料混合使用。這兩種肥料會因為溫度或酸堿度而影響微生物肥料的正常發揮。四是避免與農藥同時使用�；瘜W農藥都會不同程度的抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。